L'industrie chimique basée sur la transformation de matières premières  en produits intermédiaires ou finis, génère naturellement des déchets liquides et solides et des émissions de gaz qui constituent un élément de préoccupation écologique majeur.

Tout au long du développement du domaine phosphatier et depuis 1952 le GCT a toujours utilisé les technologies les plus avancées et les équipements les plus spécifiques disponibles à chaque étape dans le but de concilier au mieux  l' industrie et l'environnement naturel.

Du côté de la CPG, le procédé d'enrichissement du phosphate brut en produit marchand est utilisé dans plusieurs laveries. Un tel procédé, purement physique, est réalisé sur la base de la sélection granulométrique du minerai après un lavage à l'eau. La CPG est soucieuse d'assurer un meilleur suivi de la décharge des boues argileuses en provenance des laveries de phosphate  pour protéger l'environnement.

Le développement du procédé tunisien d'acide phosphorique utilisant le phosphate humide a largement contribué à l'élimination des poussières générées par les anciennes unités de séchage de phosphate. Ainsi, la majeure partie de la production de phosphate brut de CPG est utilisée telle quelle sans aucun préjudice pour l'environnement grâce à l'absence de poussières.